云南省生物大数据重点实验室初步建成药用植物基因组学数据库

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  依托云南农业大学建立的云南省生物大数据重点实验室,几年来以现代分子生物学技术为研究手段,选取云南特色生物资源为研究对象,进行全基因组测序,完成基因组相关分析,现已初步建立云南药用植物基因组学可视化数据库。

  据悉,云南省生物大数据重点实验室已完成多种云南特色药用植物基因组解析,其中包括:铁皮石斛基因组解析。在团队的共同努力下,使铁皮石斛成为第一个采用最新的二代结合第三代单分子测序技术进行全基因组测序的复杂植物基因组。同时,也是云南省主导完成的第一个植物基因组。玛卡基因组解析。针对玛卡基因组的研究为未来的十字花科植物的进化、玛卡的遗传育种、玛卡产业市场的规范化奠定了坚实基础。并在Cell出版社旗下的子刊《Molecular Plant》期刊上发表论文。丹参基因组解析。重点实验室利用二代测序技术Illumina和三代单分子测序技术相结合,成功完成了高度杂合的丹参基因组组装,并在国际学术期刊《Giga Science》上发表相关论文。辣木基因组解析。经过努力,团队破译了辣木3.16亿对碱基排序,并发现一系列特有基因,为辣木的进一步应用研究奠定了基础。三七基因组解析。为了获得三七基因组信息,团队成功绘制了三七参考基因组图谱,三七基因组论文已发表在《Molecular Plant》期刊上。这项研究将成为三七分子育种继EST测序和RNA-seq之后的又一重要成果。此外,云南农业大学生物大数据重点实验室现已完成近百种中草药转录组测序及解析,并与武汉植物园、华南植物园合作,进行了中草药的采样、转录组测序,已完成近百种核心药用植物转录组的组装、分析。

  在以上工作的基础上,云南农业大学生物大数据重点实验室初步完成了云南药用植物组学数据库的建立。为有效地促进药用植物资源整合,实现资源共享,重点实验室还构建了中草药组学数据(http://www.herbal-genome.cn),分为基因组(5-10个物种)、转录组(多于100个物种)、合成通路三个部分,实现百种中草药数据的共享、利用,满足有效成分合成生物学对关键合成酶的查找、定位功能,极大地促进了相关研究工作效率的提升,实现了数据纵向系统贯穿、横向分享分析,达到了提高药用植物研究交流水平和数据共享的目的。(记者 施铭)

[责任编辑: 胡安琪 ]

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